目的基因（gene of interest），也称靶标基因，是指在实验中研究或操纵的特定基因。
比如，转基因研究中转入到生物体内的外源的抗虫基因Bt或抗除草剂基因CP4-EPSPS等。
目的基因可以是生物体本身的， 也可以是来自不同生物体的。比如Bt基因来自苏云金芽孢杆菌。