1、
《本草纲目》
《本草纲目》凡16部、52卷，约190万字。全书收纳诸家本草所收药物1518种，在前人基础上增收药物374种，合1892种，其中植物1195种；共辑录古代药学家和民间单方11096则；书前附药物形态图1100余幅。
这部伟大的著作，吸收了历代本草著作的精华，尽可能的纠正了以前的错误，补充了不足，并有很多重要发现和突破。是到16世纪为止中国最系统、最完整、最科学的一部医药学著作。
2、
《濒湖脉学》
《濒湖脉学》为李时珍晚年所著，以号命书，是为“濒湖脉学”。《濒湖脉学》语言简明，论脉清澈，不但把临床复杂脉象总结归纳成基本的27种脉象，而且还把主要内容，即脉象、相类脉鉴别、脉象主病，皆以韵文歌括形式撰述，便宜诵记，因此上其书流传深广，历来受医家推崇。
《濒湖脉学》对中医基础理论研究和临床实践具有重大的指导意义，为中医典范之作。
3、
《奇经八脉考》
《奇经八脉考》，约撰于1577年，1卷。本书考证历代文献，对奇经循行和主病，详加说明，且附已见。