惠水县比花溪区大。
因为惠水县是贵州省铜仁市下辖的一个县，而铜仁市是贵州省面积最大的地级市之一，惠水县自然也就相应较大。
而花溪区是贵阳市下辖的一个区，相对于铜仁市而言较小。
另外，惠水县地处贵州省东南部，地势高差大，相对较多的山区也会使得县域面积增加。