不会扣学分。不转团组织关系，不会被大学扣学分，但是不承认你的团员身份，不允许你参加团组织生活，若长时间不参加团组织生活，作自动退团处理。学分是学习某一门课程，经过考试或考核合格后，所得的积分。学分积累足够到一定程度，才能毕业，顺利获得毕业证。